L'àmbit territorial del PAHT comprèn 44 municipis que formen part de dos estats i per això es va constituir l’any 2015 una  Agrupació Europea de Cooperació Territorial (AECT).

L’Agrupació Europea de Cooperació Territorial (AECT) és una eina jurídica, creada per la Unió Europea, per facilitar la realització i la gestió d’accions de cooperació territorial i de desenvolupament en àmbits transfronterers, a causa de les diferències entre legislacions i procediments estatals.  L'AECT disposa d'uns estatuts i un conveni aprovats pels membres que en formen part i pels dos estats.

Els òrgans de funcionament

La governança de l’AECT recau en una Assemblea (Comitè Sindical) composada per delegats que representen els seus membres, és a dir, als 44 municipis signataris del conveni de l’AECT País d’Art i d’Història Transfronterer de les Valls Catalanes.

L’Assemblea escull el President/ta i tres vicepresidents/tes que seran assistits per una Mesa, formada per dotze delegats. Els mandats són de dos anys i l’òrgan directiu es va alternant entre els cinc territoris que formen part de l’AECT (Vallespir, Alt Vallespir, Ripollès, Alta Garrotxa i Alt Empordà).

El Comitè Científic i Tècnic està format pels membres del dispositiu en xarxa del Centre d’Interpretació de l’Arquitectura i del Patrimoni i els membres científics. El Comitè participa a la posada en funcionaments d’accions coordinades a escala de la xarxa territorial.

L’organisme disposa d’un director i tècnics/tècniques per la gestió i per l’execució de projectes.